Magnetfelder und elektrischer Strom stehen in direktem Zusammenhang. Jede bewegte Ladung, und dazu gehört auch der Strom in elektrischen Leitern, erzeugt ein magnetisches Feld. Umgekehrt führt jede Magnetfeldänderung zu einem elektrischen Feld. Diese gegenseitige Induktion von veränderlichen elektrischen und magnetischen Feldern ist Grundlage der Maxwell - Gleichung in der Physik. Diese Gesetzmäßigkeiten führen z.B. dazu, dass sich bewegte elektrische Ladungen in einem konstanten Magnetfeld ausrichten. Diese Tatsache spielt z.B. bei der Kernspintomographie (MRT) eine wichtige Rolle. Da bewegte elektrische Ladungen, also beispielsweise Elektronen oder geladene Moleküle ein kleines Magnetfeld erzeugen, wirken sie selbst wie kleine Elementarmagnete und treten daher ihrerseits auch mit konstanten Magnetfeldern in Wechselwirkung. Umgekehrt erzeugen veränderliche Magnetfelder ein elektrisches Feld, das seinerseits eine Kraft auf ruhende elektrische Ladungen ausübt.
Biologische Vorgänge sind meist mit elektrischen Abläufen verbunden oder werden von diesen getragen, wie beispielsweise die Informationsübertragungen in den Nerven. Wichtige Vorgänge in der Zelle hängen vom Sauerstoff und anderen energetischen Ladungsträgern, die magnetisierbar sind, ab. Sind diese Substanzen durch Krankheiten verändert und damit auch der Stoffwechsel der Zelle gestört, bedingt dieses eine schlechtere Energieversorgung der Zelle. Es häufen sich Schlackenstoffen in der Zelle an, die nicht oder nicht ausreichend abtransportiert werden. Im Magnetfeld können sich die elektrischen Abläufe neu ausrichten.
Gleichbleibende, nicht pulsierende Magnetfelder verändern ruhende Ladungen nicht. Deshalb sollten in der Therapie pulsierende Magnetfelder genutzt werden. Die Energiefelder haben eine Tiefenwirkung, die auch Körperteile wie innere Organe oder Knochen erreichen.
Obwohl ein wissenschaftlicher Beweis für Wirkung und Wirkmechanismus der Magnetfeldtherapie fehlt, sind pulsierende Magnetfelder bestimmter Frequenzen und Intensitäten in ihren grundlegenden und therapeutischen Wirkungen wissenschaftlich sehr gut untersucht und werden vielfach erfolgreich eingesetzt.